1967 hade det kommunistiska Kina startat det hemliga malariaforskningsprojektet "523". Enligt handlingar från "523" framgår det att Youyou Tu beordrades att delta i ett militärt projekt för att utrota malarian som krävde många dödsoffer i Kina.
Hon skickades till sydkinesiska provinsen Hainan för att för att studera Kinas örter. Hennes dotter fick placeras på ett barnhem i Peking eftersom hennes man hade förvisats till en annan del av landet.