150 000 datorspelare kartlade människans celler

2016-12-15 09:05 Anna Orring  

Efter tio års arbete finns människans celler samlade i en digital atlas. De svenska forskarna har fått hjälp av 150 000 datorspelare för att klassificera cellernas proteiner

I datorspelet Eve Online heter avataren professor Lundberg och leder Project Discovery. Där kan spelare hjälpa till att kartlägga proteiner i cellstrukturer, bild för bild, och få betalt i spelets valuta.

I verkligheten heter hon Emma Lundberg, är docent och universitetslektor på Science for life laboratory i Stockholm och projektledare för The Cell Atlas – en kartläggning av var i cellerna proteinerna befinner sig vid olika skeenden. Syftet med kartläggningen är att förstå mer om proteinernas funktion i cellerna. Det kan ge ny kunskap om vad som orsakar sjukdomar eller håller oss friska.

Nyligen kom hon hem från USA där hon tillsammans med forskargruppen lanserade cellatlasen på en stor cellbiologimässa i San Francisco. Så nu är tio års arbete tillgängligt för forskare och alla andra världen över.

– Vi var på helt rätt ställe, många forskare där kände inte till vårt arbete och var väldigt positiva, och förvånade över att det var gratis att använda, säger Emma Lundberg.

I cellatlasen har 12 000 proteiner kartlagts i 32 olika cellstrukturer. För varje protein och struktur finns en högupplöst bild av den infärgade cellen, vilket betyder att databasen baseras på över 300 000 bilder. Bilderna är tagna med avancerad mikroskopi som ger mycket högupplösta bilder i 3d.

Den senaste fasen av arbetet har gått ut på att analysera och klassificera bilderna. En del av arbetet görs av forskargruppen på Science for life laboratory, och en del görs av en automatiserad dataprocess med artificiell intelligens som lär sig känna igen mönster och avvikelser.

Men det är en tredje typ av analys som har fått mest uppmärksamhet, och gjort att det svenska forskarprojektet har blivit omskrivet i internationell press. Det är här professor Lundberg kommer in.

Datorspelet Eve Online är skapat av det isländska spelföretaget CCP och lanserades 2003. Det utspelar sig i galaxen New Eden i en dystopisk framtid. I våras fick spelet ett nytt inslag – Project Discovery. Där kan spelarna skifta fokus, från rymden och galaktiska strukturer till att utforska kroppens minsta delar.

– Hittills har 150 000 personer världen över klassificerat mer än 13 miljoner bilder. I snitt behöver vi tio till tjugo olika spelare som klassificerar varje bild för att få ett statistiskt signifikant underlag. De har lagt ned mer än 50 arbetsår, säger Emma Lundberg.

En bild tar ungefär en minut att klassificera. I utbyte har spelarna fått spelvaluta som kan används för att köpa saker i spelet. Arbetet ska pågå in i nästa år.

Den här typen av medborgarforskning har använts förut, men det är första gången ett forskningsprojekt flyttar in i ett existerande spel.

Läs mer: Forskningen som får KTH:s jättedonation

– Tidigare har man gjort det med "gamification" av forskningen. Då måste man jobba mycket för att hitta spelare som vill hjälpa till.

Nästa steg är att jämföra de tre olika sätten att analysera bilderna.

– Det som är så intressant ur forskningssynpunkt är att vi kan jämföra i väldigt stor skala resultaten från en liten grupp experter, alltså vi forskare, en stor mängd datorspelare och med hjälp av datorer och artificiell intelligens. Jag är övertygad om att det kommer att visa sig att alla grupper är bra på någonting.

Cellatlasen fortsätter nu arbetet med att kartlägga de cirka 8 000 mer ovanliga proteiner som finns i kroppen. Och kommer kanske att vända sig till spelvärlden igen för att få hjälp.

– Det är ett väldigt bra sätt att få allmänheten intresserad av vad vi gör. Det är många människor som inte vet vad proteiner är, trots att nästan alla läkemedel är riktade mot proteinerna i kroppen. Många associerar proteiner bara med mat, säger Emma Lundberg.

Prenumerera på Ny Tekniks kostnadsfria nyhetsbrev!

 

Science for life laboratory

Arbetet med cellatlasen ingår i det stora projektet Human Protein Atlas, som bedrivs vid Science for life laboratory. För två år sedan lanserades en atlas över proteiner i mänskliga vävnader, som i dag används av 150 000 forskare varje månad.

Science for life laboratory startade 2010 för att stärka svensk forskning och innovation inom life science. Är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper.

Drivs av Karolinska Institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet. Science for life laboratory har 400 anställda och finns på två platser, i Solna och i Uppsala.

Anna Orring

Kommentarer

Välkommen att säga din mening på Ny Teknik.

Principen för våra regler är enkel: visa respekt för de personer vi skriver om och andra läsare som kommenterar artiklarna. Alla kommentarer modereras efter publiceringen av Ny Teknik eller av oss anlitad personal.

Här är reglerna för kommentarerna på NyTeknik

  Kommentarer

Dagens viktigaste nyheter

Aktuellt inom

Senaste inom

vill du synas här? annonsera

Debatt