Robotarna analyserar 5000 coronatester per dygn

2020-05-06 06:00  

Med hjälp av tio robotar kan 5 000 svalgprover analyseras per dygn. Ett helt nytt labb, en kopia av ett testlabb i kinesiska Wuhan, har byggts upp i Solna för att ta reda på vilka som har smittats av det nya coronaviruset.

Smittskyddsprofessor Lars Engstrand insåg tidigt att det skulle behövas mer testkapacitet i Sverige under coronapandemin. Så han beställde en rejäl laddning analysutrustning och testrobotar från kinesiska BGI Group.

Men då hade han inga pengar att handla för.

– Det var ganska nervöst först när jag hade beställt för 20 miljoner och inte hade täckning för det. Men jag hoppades på det bästa. Och sedan kom donationen från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse, berättar han.

Läs mer: Jakten på coronavaccin: De har nyckelroll i unika kraftsamlingen

Ungefär 50 miljoner kronor har det kostat att bygga upp det nya labbet, som kallas KI/KTH Pandemic Center. Merparten av finansieringen kommer från donationer.

Med den kinesiska utrustningen finns det nu kapacitet på labbet för att analysera 5 000 prover per dygn. Men så många prover har ännu inte kommit.

– De rullar in, i dag fick vi 1 000 nya som ska analyseras. Folkhälsomyndigheten vill ha 150 000 prover i veckan, det kommer vi inte att klara här. Sjukhus och andra aktörer måste hjälpa till, men vi kommer nog att vara den största leverantören, säger Lars Engstrand.

Lars Engstrand, professor i smittskydd. Foto: Tobias Ohls

Främst är det prover från personal inom sjukvård och äldreomsorg med sjukdomssymptom som ska analyseras här. De ska kunna ta ett svalgprov hemma eller på vårdcentral och sedan få veta om de kan gå till jobbet eller inte.

Provet tas med en särskild pinne långt bak i svalget eller uppe i näshålan. Pinnen stoppas i ett rör med en speciell vätska. Det är vätskan som sedan analyseras på det nya labbet på KI.

När proverna kommer hit packas de upp av personal i skyddsutrustning. Därefter stoppas de i en ugn och värms upp till 75 grader för att viruset ska dö.

Nästa steg är att en av de nya robotarna pytsar över proverna till en 96-hålsplatta. Plattorna ställs sedan in i extraktionsrobotar, där rna från det nya coronaviruset extraheras från proverna.

Extraktionsroboten utvinner virusets rna från svalgproverna. Foto: Tobias Ohls

Därefter ställs plattan in i en PCR-maskin, där rna-sekvenserna multipliceras för att det ska gå att detektera även en liten förekomst av viruset.

Mellansteget i processen, extraktionen av rna, tar ungefär en timme. Därför har labbet köpt in nio extraktionsrobotar för att kunna skala upp processen.

Läs mer: Antikroppar från tillfrisknade i ny studie

Men en av extraktionsrobotarna har lånats ut till Karolinska universitetssjukhuset så att de ska kunna få svar snabbare, utan att behöva springa med proverna till labbet på KI.

Genom de analyser som görs här ska vårdpersonal kunna få veta om det är covid-19 eller en helt vanlig förkylning som de bär på. Ungefär två dagar tar det att få svar.

– Det är viktigt för personalen att veta att han eller hon kan gå in till en gammal människa utan att smitta denne. Analysen ger bara en ögonblicksbild, så man kan bli smittad senare, men förhoppningsvis håller de sig till Folkhälsomyndighetens rekommendationer och håller sig därmed friska, säger Lars Engstrand.

Men labbet fyller även andra syften, menar han.

– För prediktionsmodellerna behöver man ha data om hur det ser ut där ute. Framför allt behöver man göra undersökningar ute i befolkningen för att se vilka som är infekterade för att kunna göra prognoser framöver.

Sekvenseringsmaskinen i labbet är Lars Engstrands stolthet. ”Det är den kraftfullaste sekvenseringsmaskinen i världen och den enda som är installerad utanför Kina i dag”, säger han. Foto: Tobias Ohls

Labbet har också möjlighet att kartlägga virusets arvsmassa genom så kallad dna-sekvensering.

– Vi har fått tillgång till extremt kraftfulla sekvenseringsplattformar, med en kapacitet som är jättejättehög, genom de maskiner som har installerats av BGI:s kinesiska ingenjörer, berättar Lars Engstrand.

Dna-sekvensering innebär att man kartlägger ordningen för kvävebaserna i arvsmassan. En sådan kartläggning kan ge ytterligare säkerhet i diagnosen, så att man vet att det verkligen handlar om det nya viruset sars-cov-2, men kan också vara värdefull genom att mutationer hos viruset upptäcks snabbt.

Fakta: Linda Nohrstedt Grafik: Jonas Askergren Foto: Tobial Ohls

Än så länge tyder inga rapporter på att viruset har muterat nämnvärt. Men om det muterar får det inte gå under radarn. För då måste ansträngningarna för att utveckla ett vaccin anpassas till virusets nya form.

– Det är jätteviktigt hur du designar din vaccinkandidat. Med den här metoden kan vi hjälpa till så att man inte missar om viruset förändrar sig, säger Lars Engstrand.

Den kinesiska bioteknikkoncernen BGI Group var tidigt på plats i Wuhan, där pandemin tog sin start, och byggde upp ett labb med stor testkapacitet. Företaget kallar konceptet Fire Eye, ungefär eldöga, efter den kinesiska sagan om Apkungen med superkrafter.

– Han hade ett eldöga som gjorde att han kunde se igenom alla monster. Ungefär på samma sätt gör vårt labb att viruset inte har någonstans att gömma sig, berättar Vivien Yang, nordisk affärsutvecklingschef på BGI:s dotterbolag MGI.

Labbet som har byggts upp på KI är i princip en kopia av det i Wuhan.

– Vi har lärt oss att det är kritiskt att ha tillgång till data. Om en region utökar kapaciteten för tester bidrar det till att kontrollera utbrottet. Det är genom att människor snabbt får veta om de är smittade eller inte som man kan begränsa smittan, säger Vivien Yang.

KI:s och KTH:s nya pandemilabb

Formellt heter labbet KI/KTH Pandemic Center vid Sci Life Lab. Det ligger på Karolinska institutets campusområde, i lokaler som tillhör KI:s och Sci Life Labs Centrum för translationell mikrobiomforskning (CTMR).

Totalt har det kostat ungefär 50 miljoner kronor att bygga upp labbet. Sekvenseringsutrustningen har skänkts utan kostnad av BGI Group inom ramen för ett forskningssamarbete.

Linda Nohrstedt

Kommentarer

Välkommen att säga din mening på Ny Teknik.

Principen för våra regler är enkel: visa respekt för de personer vi skriver om och andra läsare som kommenterar artiklarna. Alla kommentarer modereras efter publiceringen av Ny Teknik eller av oss anlitad personal.

  Kommentarer

Debatt