Wikipedia-kopia hjälper till att bota sjukdomar

2015-01-21 05:30  
KTH-forskaren Tove Alm är projektledare för Antibodypedia, en öppen databas där forskare över hela världen får hjälp att hitta rätt bland de 1,4 miljoner antikroppar som finns på marknaden. Foto: Jörgen Appelgren

Hur kan man avslöja, lindra eller bota sjukdomar? Svar: genom att hitta proteinerna som ligger bakom. En svensk databas liknande Wikipedia hjälper världens forskare att välja rätt antikropp för uppgiften.

Vi människor är som en legokonstruktion uppbyggd av 20 000 olika proteiner. Hamnar bitarna fel kan vi bli sjuka. Ett sätt att avslöja felen är att använda antikroppar som binder till proteinerna och gör dem synliga. Men att hitta rätt antikropp är en utmaning, det finns över en miljon på marknaden.

För att hjälpa till med uppgiften har forskare vid KTH skapat Antibodypedia. Databasen är en slags motsvarighet till Wikipedia där uppslagsordet är det protein forskaren är intresserad av.

– Det kan finnas upp mot 3 000 olika antikroppar att välja mellan för ett enda protein. I vår databas kan deras egenskaper jämföras med varandra, säger Tove Alm, projektledare och forskare i bioteknik på KTH och Science for Life Laboratory.

I databasen rangordnas antikroppar med hjälp av algoritmer. Som grund ligger uppgifter som skickas in av tillverkaren, men även bilder och referenser från forskare som publicerat rön där antikroppen har använts. Allt är gratis tillgängligt via nätet på www.antibodypedia.com.

Hittills har 650 000 bilder och 186 000 referenser från 1,4 miljoner antikroppar matats in i systemet.

– Över 20 000 forskare loggar in i databasen varje månad. Den största användargruppen, en tredjedel, sitter i USA, säger Tove Alm.

Bland användarna finns Jan Mulder på Karolinska Institutet och Science for Life Laboratory. Där forskar han på hur hjärnan utvecklas och fungerar, samt vad som händer vid olika hjärnsjukdomar. Här behövs antikroppar för att visualisera och undersöka hjärnans byggstenar – proteinerna.

– Runt 50 procent av antikropparna på marknaden fungerar inte så bra. I Antibodypedia finns data av hög kvalitet som gör att jag kan hitta de antikroppar som passar bäst, säger Jan Mulder.

Att antikroppar kostar runt 3 000 kronor per tub gör det extra viktigt att hitta rätt från början, påpekar han.

Grunden till databasen är EU-projektet Proteome Binders som avslutades år 2010. KTH-forskarna driver arbetet med databasen vidare parallellt med projektet Human Protein Atlas.

Miljardprojektet, som leds av svensken Mathias Uhlén, presenterade nyligen världens första bildatlas över vilka av kroppens 20 000 proteiner som används för att bygga alla organ och vävnader i en frisk människa.

Ulla Karlsson-Ottosson

Kommentarer

Välkommen att säga din mening på Ny Teknik.

Principen för våra regler är enkel: visa respekt för de personer vi skriver om och andra läsare som kommenterar artiklarna. Alla kommentarer modereras efter publiceringen av Ny Teknik eller av oss anlitad personal.

  Kommentarer

Dagens viktigaste nyheter

Aktuellt inom

Debatt