Beslutet kommer efter flera års diskussioner om vad som ska göras med de 1,23 miljoner ton vatten som finns kvar efter det stängda kärnkraftverket som skadades i en tsunami 2011.
Miljöaktivister och lokala fiskare och bönder har länge protesterat mot planerna att släppa ut vattnet, men regeringen uppger att det nu valda alternativet är det mest genomförbara.