Kemi knäckte grankoden

2013-06-05 06:45  

Dags att titta extra vördnadsfullt på nästa julgran. Dess arvsmassa klår människans sju gånger om. Det är resultatet efter att forskare med dna-sekvenseringsapparater kartlagt granens gener.

Världens största genprojekt. Så beskriver forskarna på Umeå Plant Science Centre (UPSC) och Sci Life Lab i Stockholm sin treåriga kartläggning av granens arvsmassa. Resultaten presenteras nu i tidskriften Nature.

Studien visar att granens arvsmassa är sju gånger större än människans. Det betyder dock inte att granen har märkbart fler olika gener än människan. Enligt forskarna beror detta på att granen har långa rader av likadana dna-sekvenser.

– Att det var så få funktionella ­gener inblandade kom som en överraskning, säger Stefan Jansson, ­professor i växters cell- och molekylärbiologi på UPSC.

Forskarna tog hjälp av moderna dna-sekvenseringsapparater, framför­allt av märket Illumina Hiseq 2000.

– De är var och en ungefär lika stora som två flyttkartonger. Man laddar dem med dna-material, de utför avancerad kemi i mikroskala och ut kommer datafiler med massvis av dna-sekvenser, säger Stefan Jansson.

Forskarna fick dessutom ta till en specialdator med extra stort ram-minne på två terabyte.

– Ett problem var den storskaliga lagringen och backupen. Det var ofta som vi körde i taket då det helt enkelt inte fanns plats för alla backuper, säger Stefan Jansson.

Den stora utmaningen har varit att få ordning på beståndsdelarna i granens genetiska kod.

– Tänk dig ett bibliotek med tiotusen bibeltjocka böcker, skrivna med ett alfabet med bara fyra bokstäver, säger Stefan Jansson och fortsätter:

– Om någon tog hundra kopior av var och en av de tiotusen titlarna, körde allt genom en dokumentstrimlare och blandade alla strimlor, och du sedan fick i uppdrag att pussla ihop en korrekt kopia av varje titel, inser man att det kan vara lite problematiskt.

Forskningen kan nu komma till användning inom skogsbruket.

– Om vi får till storskaliga gentester på de granar som används som föräldrar till alla plantor, så kan man hitta rätt frön till rätt plantage. Och plantor som inte är så sjukdomskänsliga, säger Stefan Jansson.

En procent mer tillväxt i granarnas livscykel ger, enligt Stefan Jansson, miljarder i vinst för skogsindustrin.

Är ni sugna på att göra en likadan studie med tallen nu?

– Vi har redan börjat. Vi kanske kan bli klara med den kartläggningen om ett par år.

Wallenbergstiftelse stod för budgeten

Hela projektet har haft en budget på cirka 75 miljoner kronor. Den största delen har finansierats av Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Forskare från UPSC (Sveriges lantbruksuniversitet och Umeå universitet) och Science for Life Laboratory (Kungliga Tekniska högskolan, Stockholms universitet och Karolinska institutet) har deltagit i projektet.

Flera internation­ellt ledande forskare har kopplats in som samarbetspartners.

Stefan Nordberg

Mer om: DNA Innovation

Kommentarer

Välkommen att säga din mening på Ny Teknik.

Principen för våra regler är enkel: visa respekt för de personer vi skriver om och andra läsare som kommenterar artiklarna. Alla kommentarer modereras efter publiceringen av Ny Teknik eller av oss anlitad personal.

  Kommentarer

Debatt

Läs mer