Mixar DNA på rekordtid

2011-03-08 15:03  

Aldrig har så många prover analyserats i en enda sekvensering. Den nya metoden kan få betydelse för både forskning och vård.

5000 DNA-prover istället för 100. Det är vad forskarna Afshin Ahmadian och Peter Savolainen från Kungliga Tekniska högskolan erbjuder. De har utvecklat en metod för att märka in DNA så att många olika prover kan sekvenseras samtidigt i ett enda provrör.

Att kunna köra flera prover parallellt till priset och tiden av några få, är viktigt i många sammanhang. Peter Savolainen tror att det blir en resurs för sjukhus som ska analysera prover av många olika patienter. Han tror också att effektiviseringen kommer att gynna forskning inom life science.

Ett exempel är cancerforskning där det är en fördel att kunna sekvensera samma gen för flera tusen människor. Att köra en analys för varje prov är kostsamt och tidskrävande. För att komma undan detta kan flera prover blandas i ett provrör och analyseras samtidigt. Problemet med det har varit att hålla isär vilket DNA som hör till vilken individ. Med den nya metoden kan många prover blandas, utan att de förväxlas.

Peter Savolainen berättar att de istället för att köra 10 eller 100 prover samtidigt, har lyckats analysera 5000 prover.

- Det är världsrekord. Det finns ingen annan som har analyserat såhär många prover i en körning, säger Peter Savolainen.

Tekniken går ut på att märka upp varje prov med en unik kombination av DNA-bokstäver, som fungerar som en streckkod. På det viset kan alla proverna blandas i ett provrör och analyseras samtidigt, utan att blandas ihop.

Tricket är att de gör en dubbel uppmärkning av varje prov, vilket gör att de ökar antalet möjliga kombinationer med nästan 100 gånger.

Proverna pytsas ut i plattor med 96 positioner. Varje prov märks upp med en DNA-streckkod för den position på plattan de har, och ytterligare en kod för vilken platta de är på. Om 100 plattor ingår i experimentet så behöver bara 96+100 unika streckkoder hanteras, men de kan märka 9600 olika prov. Att hålla nere antalet koder är viktigt för att märkningen ska bli hanterbar och inte alltför dyr.

Peter Savolainen tror att han och Afshin Ahmadian kommer kunna skala upp metoden för att analysera ännu fler prover framöver.

Sekvensering

Process som tar reda på ordningen hos de kvävebaser som bygger upp den genetiska koden. DNA består av fyra olika kvävebaser som betecknas A, C, G, och T.

Sara Engström

Kommentarer

Välkommen att säga din mening på Ny Teknik.

Principen för våra regler är enkel: visa respekt för de personer vi skriver om och andra läsare som kommenterar artiklarna. Alla kommentarer modereras efter publiceringen av Ny Teknik eller av oss anlitad personal.

  Kommentarer

Debatt

Läs mer